Fabrice Jossinet

Fellowship 2015

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Bioinformaticien et biologiste moléculaire, Fabrice Jossinet étudie le rôle des ARN non-codants dans les mécanismes biologiques, ainsi que les relations structure-fonction de ces ARN. A la suite d’un doctorat sur l’étude de la dimérisation de l’ARN génomique du VIH-1 dans le groupe de Chantal et Bernard Ehresmann, il rejoint l’équipe d’Eric Westhof en 2002 en tant que maître de conférences dans l’UPR 9002 du CNRS. Il y développe une infrastructure bioinformatique nommée Assemble2, facilitant l’étude et la construction d’architectures d’ARN au niveau atomique. Cette infrastructure a notamment permis la construction et la publication de plusieurs structures atomiques de ribosomes complets en collaboration avec les groupes de Roland Beckman (Gene Center, Munich) et de Joachim Franck (université Columbia, New York). Ces projets collaboratifs ont abouti à la publication des ribosomes de cinq organismes eucaryotes : Saccharomyces cerevisiae, Triticum aestivum, Trypanosoma brucei, Drosophila melanogaster et Homo sapiens. En 2013, Fabrice Jossinet prend la direction d’une nouvelle équipe au sein de l’UPR 9002 du CNRS. Cette équipe combine des approches expérimentales et bioinformatiques afin de caractériser les ARN non-codants et les évolutions structurales pouvant être impliqués dans les maladies non transmissibles et infectieuses. Cette équipe utilise notamment comme modèle d’étude la levure pathogène Candida glabrata. En plus d’être la seconde cause de candidoses dans le monde après Candida albicans, Candida glabrata présente des particularités structurales remarquables au sein de certaines familles d’ARN non-codants telles que la RNase P ou la télomérase.

Étude transcriptionnelle d’une souche pathogène de levure modifiée par CRISPR/Cas9 au cours de l’infection

Post-doctorant : Ludovic Enkler

En utilisant comme modèle d’étude la levure pathogène Candida glabrata, notre équipe souhaite caractériser les entités moléculaires pouvant être impliquées dans le processus d’infection de ce microorganisme. Pour cela, notre équipe combine des approches bioinformatiques et expérimentales. Au moyen d’approches de génomique comparative, nous cherchons à caractériser des familles moléculaires présentant des traits évolutifs spécifiques à cette espèce de levure. Ces familles se révèleront être des candidats potentiellement impliqués dans les mécanismes infectieux et qui devront être validés expérimentalement. Des études préalables ont ainsi montré l’existence de caractéristiques structurales particulières au sein de familles d’ARN non-codants telles que celles de la RNaseP ou de la télomérase. En parallèle, notre équipe a récemment caractérisé le paysage transcriptionnel de C. glabrata au cours du processus d’infection. Nous avons pour cela séquencé à haut debit (RNA-seq) l’ARN total de C. glabrata extrait au cours de l’infection d’une lignée immmuno-déficiente de mouche Drosophila melanogaster. Notre équipe a ainsi caractérisé plusieurs sites génomiques de C. glabrata présentant une surexpression au cours du processus d’infection. Sur la base de ces résultats préliminaires, le financement USIAS que nous avons obtenu va nous permettre de construire une souche de C. glabrata exprimant le système CRISPR-Cas9 de manière constitutive. Cette souche nous permettra de cibler directement les sites génomiques candidats identifiés bioinformatiquement et expérimentalement. L’infection de notre modèle animal au moyen de ces souches recombinantes devra nous permettre de vérifier l’implication de ces sites candidats dans les mécanismes de pathogénicité.