Université de Strasbourg

Souche de levure modifiée

Etude transcriptionnelle d’une souche pathogène de levure modifiée par CRISPR/Cas9 au cours de l’infection

Fellow USIAS : Fabrice Jossinet

En utilisant comme modèle d’étude la levure pathogène Candida glabrata, notre équipe souhaite caractériser les entités moléculaires pouvant être impliquées dans le processus d’infection de ce microorganisme. Pour cela, notre équipe combine des approches bioinformatiques et expérimentales. Au moyen d’approches de génomique comparative, nous cherchons à caractériser des familles moléculaires présentant des traits évolutifs spécifiques à cette espèce de levure. Ces familles se révèleront être des candidats potentiellement impliqués dans les mécanismes infectieux et qui devront être validés expérimentalement. Des études préalables ont ainsi montré l’existence de caractéristiques structurales particulières au sein de familles d’ARN non-codants telles que celles de la RNaseP ou de la télomérase. En parallèle, notre équipe a récemment caractérisé le paysage transcriptionnel de C. glabrata au cours du processus d’infection. Nous avons pour cela séquencé à haut debit (RNA-seq) l’ARN total de C. glabrata extrait au cours de l’infection d’une lignée immmuno-déficiente de mouche Drosophila melanogaster. Notre équipe a ainsi caractérisé plusieurs sites génomiques de C. glabrata présentant une surexpression au cours du processus d’infection. Sur la base de ces résultats préliminaires, le financement USIAS que nous avons obtenu va nous permettre de construire une souche de C. glabrata exprimant le système CRISPR-Cas9 de manière constitutive. Cette souche nous permettra de cibler directement les sites génomiques candidats identifiés bioinformatiquement et expérimentalement. L’infection de notre modèle animal au moyen de ces souches recombinantes devra nous permettre de vérifier l’implication de ces sites candidats dans les mécanismes de pathogénicité.

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