Séminaire Fellows USIAS - Le pouvoir de la coopération : mieux caractériser les fonctions des petits ARN bactériens
Staphylococcus aureus
Par Wolfgang R. Hess et Pascale Romby (Fellows FRIAS-USIAS 2017)
Les bactéries doivent constamment adapter leur métabolisme et leur croissance à des conditions environnementales en perpétuel changement. Ces événements adaptatifs rapides exigent l’action coordonnée de nombreux facteurs régulateurs, impliquant des facteurs transcriptionnels, des protéines identificatrices de métabolites, des protéines de liaison à l’ARN ainsi que des petits ARN non codants (ARNnc) afin de réguler l’expression génétique à divers niveaux. Des centaines d’ARNnc sont présents dans une bactérie typique, et, par rapport aux microARN des eucaryotes, ceux-ci sont plus hétérogènes en termes de longueur, de séquence, de composition et de structure secondaire. La grande majorité des ARNnc fonctionnent de manière post-transcriptionnelle en se liant à d’autres ARN (microARN, ARNnc) par le biais de courtes régions à la complémentarité séquentielle imparfaite. En outre, chaque ARNnc individuel peut interagir avec des dizaines d’ARN cibles différents, et impacter l’expression génétique négativement ou positivement. Ces faits ont contribué à l’idée que l’ensemble des cibles régulatrices d’un ARNnc donné, son « targetome », est difficile à identifier.
La collaboration entre les équipes de Fribourg-en-Brisgau et de Strasbourg montre qu’une vision plus claire des réseaux régulateurs dépendant de l’ARNnc peut être obtenue en associant les approches expérimentale et informatique. Wolfgang Hess et Pascale Romby donneront une brève introduction à ces méthodes, suivie d’une description de plusieurs exemples illustrant dans le détail les forces et faiblesses spécifiques de ces approches. À titre d’exemple, ils montreront de quelle manière les ARNnc mettent en relation la réponse au stress et l’adaptation métabolique à la virulence de Staphylococcus aureus.
